海洋污染監(jiān)控與防治子系統(tǒng)主要用于全面掌握我國入海污染源基本信息；根據(jù)業(yè)務化監(jiān)測資料對全國入海排污口、入海江河等污染源及其鄰近海域進行評價；以總量控制/減排方案和監(jiān)測評價為基礎(chǔ)，對入海污染源達標/減排目標進行的實時監(jiān)控；通過接入國家和地方建立的入海污染源實時自動監(jiān)測系統(tǒng)，建立預警機制，對違規(guī)排污發(fā)出報警信號。

海洋污染監(jiān)控與防治子系統(tǒng)包括入海污染源管理、入海污染源狀況評價、總量控制與減排管理、入海污染源在線監(jiān)控4個一級功能模塊。